- 1940年（昭和15年）
- 長野県購買販売連合会村井工場として食品加工を開始
- 1950年（昭和25年）
- 長野県経済農業協同組合連合会（経済連）に改組
- 1957年（昭和32年）
- 長野トマト株式会社を設立
- 1959年（昭和34年）
- 我が国初の無着色トマトケチャップ（ナガノゴールドケチャップ）発売
- 1964年（昭和39年）
- なめ茸茶漬の製造を開始
- 1971年（昭和46年）
- 本社工場（第1工場）を建設
- 1974年（昭和49年）
- 本社工場（第2工場）を建設
- 1976年（昭和51年）
- キリンビール（株）と業務提携
- 1979年（昭和54年）
- 松本工場を建設
- 1983年（昭和58年）
- 食品産業優良企業として農林水産大臣より表彰
- 1985年（昭和60年）
- 本社工場／ケチャップ・ピローライン新設
- 1995年（平成7年）
- 「株式会社ナガノトマト」に社名変更
- 1999年（平成11年）
- 物流業務の統合、流通センターの移設 本社工場／カップポーションライン新設
- 2006年（平成18年）
- 企業理念を策定 本社工場／天然ガス焚き蒸気ボイラー導入
- 2007年（平成19年）
- 今井北倉庫を建設
- 2010年（平成22年）
- 飲料製造受託事業（松本工場）を信州ビバレッジ株式会社として新設分割
- 2013年（平成25年）
- 排水処理設備更新 日本製粉（株）（現（株）ニップン）と資本・業務提携
- 2017年（平成29年）
- FSSC22000の認証を取得
- 2020年（令和2年）
- 第2工場を建設
